本區位於臺南市中心腹地、曾文溪經區郊南邊；東接官田區，西與佳里區為鄰，南接善化、安定、西港等區，北鄰下營區及學甲區，全區總面積53.9744平方公里，行政區域劃分為20里計239鄰。
麻豆在台灣地方史上是個知名的地區。荷蘭治台，稱此為「Madou社」，乃西拉雅族四大社之一；明永曆十五年(西元1661年)，鄭成功來台驅荷，所製輿圖記示麻豆為番社。
距今二百餘年前，麻豆原為一荒陬濱海地帶，麻荳港則為倒風內海東南方之汊港，據臺灣府誌記載:「倒風港分三叉，西南為麻荳港，南茅港尾港，北為鐵線橋港。」港水流經麻荳社社北迄於社頭的水堀頭，水堀頭即為碼頭所在，舟楫往來商業盛極一時；其外緣沙洲林立，今海埔池王府府址的海埔里即位此海岸沙地。嗣後，天然環境的變因，麻荳港航道漸告淤塞，東起水堀頭，經貓求港、后虞朝、天保寮、下隙仔港、箕杆港(北勢港)、南下加輦邦(今北勢里)、蚊港厝(今大埕里)，西出油車、經埤頭港、大汕腳(原大山里，因民國107年里鄰調整，今為海埔里)，延伸至海埔、港仔尾等地，港灣浮覆後，或變成為窪地，或成為港塭，海岸線乃漸次西移，原本濱海之古麻荳社遂成為內陸地域。
麻豆之開墾，先由北角(后虞朝小部落)開始，次為柬角(什二路)，而西角(草店尾)，而南角(即巷口)，稱為麻荳社的四角。至乾隆初年，再由四角發展為八角;即由巷口角分出晉江角，什二路分出尪祖廟角，草店尾分出東角，北角分出南勢角。隨著街市的發展，而有廟宇的興起，如上帝廟、媽祖宮、關帝廟、文昌祠、五王廟等。原先的八角頭再度擴展形成十二角頭，包括以媽祖宮為中心的祖廟角，由尪祖廟角分出的加輦邦角，由東角分出的大埕角，以及由后虞朝分出，而以五王廟為中心的新店角。
民國三十四年台灣光復後，設麻豆鎮，下轄二十九里，即穀興里、保安里、東角里、晉江里、巷口里、中興里、興農里、新建里、油車里、北勢里、大埕里、小埤里、埤頭里、大山里、海埔里、莊禮里、港尾里、麻口里、南勢里、龍泉里、總榮里、寮廍里、安業里、安東里、安西里、安正里、謝安里、中民里、磚井里。民國九十九年十二月二十五日縣市合併，「麻豆鎮」改為「麻豆區」。又民國107年因應里鄰調整，麻豆區下轄20里，分別為東角里、晉江里、巷口里、中興里、興農里、油車里、北勢里、大埕里、南勢里、寮廍里、埤頭里、海埔里、港尾里、麻口里、安業里、安正里、新興里、謝厝寮里、井東里以及清水里。
