有以下幾種處理方式：
1. 農業使用必須者，補申請農業設施容許使用及建築執照(45平方公尺以下免申請建築執照)，並檢附以上合法證明。
2. 民國65年6月1日前舊有「農業設施」，且無經過增建及改建者，得檢附從來使用之證明文件(ex.向農林航空測量所申請舊航照圖)。
3. 設施為土地共有人所有者，得檢附設施切結或分管契約(詳附件)。
4. 情況允許下，執行移除，恢復農業使用。